影片以南宋末年，国家内忧外患为背景。讲述了张三丰一心向武道，一朝师门被灭，自己也被卷入魔教的阴谋之中，于风雨飘摇中创成太极拳绝世神功的故事。

宦官弄权的明朝末年，苛税与暴政弄得民不聊生。张君宝（李连杰）与董天宝（钱小豪）是一对自幼在少林寺长大的师兄弟，但两人性格迥异，张君宝善良忠厚，董天宝则狡猾阴险，在争夺进入达摩院修行的资格时，两人因与师伯发生争执，被逐出少林。

东汉末年，汉室幼主难当大局，朝廷中曹操（张丰毅 饰）独断专行，挟天子以令诸侯，大夫孔融（王庆祥 饰）誓死直谏，结果落得给曹兵祭旗。原来曹操决心已定，欲剿灭刘备（尤勇 饰）、孙权（张震 饰）等江南反贼，一统天下。长坂坡一战后，刘备在军师诸葛亮（金城武 饰）辅佐之下，率结义弟兄关羽、张飞（臧金生 饰）、赵云（胡军 饰）等，带领难民且战且退，最后只得求助于江东孙权。对于抗曹之事，孙权亦正犹豫不决。但大都督周瑜（梁朝伟 饰）与其妹孙尚香（赵薇 饰）均力挺其出战，眼看大兵压境，孙刘联盟方现雏形。诸葛亮观周瑜严明治军，旗下大将甘兴（中村狮童 饰）身先士卒，颇感欣慰。此刻突然传来军中箭弩严重缺乏，孔明不顾鲁肃（侯勇 饰）好心劝阻，甘愿立下军令状，谋求箭弩……

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元末，群雄并起，天下大乱。武当为长春真人邱处机百岁办祈福大典，皇觉寺和尚朱元璋、义军首领郭子兴的养女马芝兰、富家女沈蓉来到武当，与邱处机俗家弟子张君宝结为好友。在大漠苦练多年的赤必烈带火郎、雪鹰来武当挑战邱，邱重伤生死未卜，君宝被擒。朱元璋投身郭子兴麾下，但被奸人所害，伦为乞丐，欲跳崖自尽，幸遇逃脱的君宝相救，重拾信心。与朱相恋的沈蓉因有孕来找朱，却发现朱为了兵权与马芝兰完婚，动了胎气，难产而死，君宝悲愤不已。赤必烈得知邱处机未死，再次来武当山决战，两败俱伤。邱临死前给君宝留下八字秘诀。君宝领悟秘诀，创出太极拳，改名张三丰。朱称帝后大开杀戒，连三丰也不放过。三丰怒杀十八龙骑直闯御前，欲杀朱，马皇后赶来求情。三丰无奈放过朱，归隐武当，不问江湖。

八卦阵一战，孙刘联军力挫曹兵之锐气。曹操（张丰毅 饰）为此忧心忡忡，加之北方将士因水土不服，死伤过重，更令其头风病发作，幸得侍女骊姬（小宋佳 饰）陪伴照顾。孙尚香（赵薇 饰）易容潜入曹营，借士官长（佟大为 饰）垂青，窃取军情。为了适应水战，曹操采纳荆州降将蔡瑁、张允的意见，将战船用铁锁相连。此后，曹操帐下谋士蒋干（师小红 饰）主动请缨前去拜访故友周瑜（梁朝伟 饰）刺探虚实。周瑜将计就计，假借酒醉泄露军机，让蒋干带回假情报，曹操一怒之下误杀了蔡瑁张允。曹操将因瘟疫致死的将士尸体投入江水，名曰“鬼兵”，意欲扰乱孙刘联盟之军心，小乔（林志玲 饰）见此情景，遂决定夜探曹营，劝其退兵。眼看万事具备，但是风向不对，周瑜遂派鲁肃（侯勇 饰）找诸葛亮（金城武 饰）寻助……

　　武林两大恶魔「插翅虎」邓飞（郑雷饰）及「活阎王」阴得龙(田丰饰)，分别获得当年武圣所遗留下来的武功秘本的一半。阴得龙为了获得完整的武功独霸武林，将胞妹阴赛花(于倩饰)招赘邓飞。郭九如(陈鸿烈 饰)为了挽救武林浩劫，冒充邓飞去会阴得龙，后九如身份败露，陷入重重包围之中……

太极宗师张三丰破译八级玄盒，大破无疆心法神功进而扫除武林败类的故事

　　唐保家（张丰毅 饰）是一名英俊正直的平民青年，迫于家长压力和残酷的现实，与心爱的女子路遥（关之琳 饰）私奔，却不料因此被抓了起来，被判极刑。当朝奸佞魏忠贤正在组织自己的锦衣卫队伍，看上了死牢中的唐保家，唐保家因此获得重生，被赐名“唐斩”，成为了魏忠贤手下一名心狠手辣的杀手。

正当岳家军准备直捣金人军营之际，岳飞被奸相秦桧以十二道金牌急召回临安，由冯忠、冯孝押解到大理寺，并加以“莫须有”的罪名，拟暗中将他杀害。各派英雄豪杰，为拯救岳飞，相约来到临安，实行劫狱。他们以凌如风、司马长弘、周定为首策划，决定兵分两路：一由关帝庙地道潜入寨内埋伏；一在大江镖局埋伏，以便里应外合。后行踪败露，江边等候众人被杀，唯独凌逃出生天，但亦受重伤。正当凌孤掌难鸣时，得宋家父女相助，以宋家轻功绝技潜入大理寺救岳。眼看岳飞已救出，凌虽然身受重伤，已把生死置之度外，当关而立，身穿万箭而死。然而岳飞并没有领他的情，肃穆地走进大理寺……

　　正所谓人在江湖，身不由己，独臂刀王方刚（王羽 饰）厌倦了江湖厮杀，恩怨相报，转而与妻子小蛮（焦姣 饰）隐居山野，躬耕劳作。在一个晴朗的日子里，黑白刀使关顺、关横两兄弟不由分说送来请帖，邀请方刚参加五月五日端午节在霸王寨举行的万刀大会。凡是惯常使刀的高手都被邀请在列，以最终决出刀王之选。方刚打定心思不想赴会，谁知没过多久朝阳刀卢掌门登门拜访，为其讲述了霸王寨八大刀王这些年在江湖上为非作歹的恶行，此次万刀大会的目的无疑是要将武林中所有用刀的高手全部降服。方刚执意不行，更以其一身绝学赶走黑白二使。

以张三丰为主线，以元朝末年为背景，讲述了局势动荡的元朝末年，民不聊生，各地义军并起，形成割据之局，为镇压起义军，河南王扩阔帖木儿奉命寻找南宋留下的一处龙脉，在寻宝途中与龙门派丘处机、少年张三丰展开了一场惊心动魄的末世英雄传奇故事。